經濟部規劃，已辦理臨時登記的7千多家工廠明年到期後仍可繼續經營，將優先輔導；未辦臨時登記的無污染、無公安疑慮工廠，也將就地輔導，無需遷廠。至於2016年5月20日後新增的工廠，則會停止供電、供水，一律拆除。
該次推動修法，總計將納管4.5萬家工廠，預期解決其中7千多家農地違章工廠明年6月大限之問題，讓中小企業可安心拚經濟；至於中高污染工廠，則輔導轉型、遷廠或是關廠，不配合者，將依法停止供電、供水、拆除。
根據行政院版草案，符合低污染條件之未登記工廠，在修法2年內應申請納管及繳交「納管輔導金」、3年內提出改善計畫，改善期間2年，最遲10年內應取得特定工廠登記，而原先7千家臨登工廠須在修法後2年內申請特登。修法後10年仍無法改善並取得特登之工廠，地方政府將斷水電或拆除，若地方未依法執行，中央可逕行斷水電，甚至對地方減列、減撥補助款或採行其餘措施。
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