依照綠建築自治條例規定，非公有新建建物應取得綠建築標章，但綠建築標章的評定，則是在取得使用執照之後才能進行，為驅使起造人主動取得綠建築標章，特別訂定保證金制度，讓起造人分別於領取建照前，以及領取使用執照前，繳納各一半保證金，保證金是按工程造價5％計算。
北市府舉例試算：假設建物造價1億元，則須繳交保證金500萬元；當起造人完成規定事項後，市府都發局方發還保證金，若起造人未依規定辦理，則保證金不予退還。
另依照綠建築自治條例規定的非公有新建建築物，以及申請都更綠建築設計容積獎勵的新建建物，其起造人還應提列綠建築維護費用，該費用應於領得使照前，由起造人向都發局繳納，維護費用是以該建物依公寓大廈管理條例施行細則第5條規定繳納的公共基金50％計算。
舉例來說，假設建築物造價1億，則維護費用須繳交77萬5千元，起造人繳納費用後，由管理委員會或管理負責人向都發局申請綠建築維護費用，並撥入公寓大廈公共基金。
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