南門市場大樓預計今年底拆除，將原址興建地上12層、地下5層且與捷運站連通共構的新市場大樓，總樓板面積約4.68萬平方公尺(1.42萬坪)，市場攤商將使用地上與地下1、2層空間，並設置地下停車場。
未來鄰近市場的捷運中正紀念堂站2號出口也將拆除，整併入市場內，新市場整體1樓由於配合捷運連通道抬高，將比騎樓人行道高60公分，比馬路高90公分。
對此，都委會主席、台北市都發局副局長王玉芬指出，新市場大樓1樓高度若比騎樓人行道高60公分，似乎會過高，出入口設無障礙坡道需使用較多空間設緩坡才有利於行動不便者通行，應設法減少高低差。
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