水利署說明，該輸水工程計畫引水量是在確保石岡壩及下游農業用水權益與生態基流量之外的剩餘流量才引用，不會影響既有灌溉用水權益，將剩餘水量蓄存於水庫以利枯水期利用，並無將農業用水移作工業用水之情形，相關水源調配資訊亦將透過網站公開供外界檢視。關於環境調查過程中生態監測發現石虎出現地區，已與相關生態學者專家依據調查結果檢討提出保育對策，採行環境友善工法，以減輕對石虎之影響。
至於環評委員所提每日增加25萬噸供水量的計算公式並不明確、耐震與基礎承載力及建立長期生態監測計畫等意見，水利署表示供水效益係經過嚴謹水源演算確認，將儘速依與會委員及單位代表意見，補充強化說明資料並依委員意見修正報告書，於期限內再提送環保署審查。
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