有關土地增值稅，除了課稅基礎(土地漲價總數額)、累進稅率之外，另一個減徵、免徵土地增值稅，及抵繳問題，更是攸關民眾賦稅人權。土增稅，可以分為減徵、免徵、不課徵以及抵繳等方面說明。
玖：土地增值稅的減徵
一、重劃後土地的減徵
依據《土地稅法》第39條規定，經重劃之土地，於重劃後第一次移轉時，其土地增值稅減徵百分之四十。
1、在中華民國五十三年舉辦規定地價或重新規定地價之地區，於該次規定地價或重新規定地價以後辦理重劃之土地。
2、在中華民國五十三年以前已依土地法規定辦理規定地價及在中華民國五十三年以後始舉辦規定地價之地區，於其第一次規定地價以後辦理重劃之土地。
二、區段徵收抵價地之減徵1
換句話說，區段徵收以抵價地補償其地價者，領回抵價地後第次移轉時，土地增值稅減徵百分之四十。
三、農村社區土地重劃條例之土地經整體開發建築時
《農村社區土地重劃祖先遺留共有土地減徵土地增值稅標準》補充規定，重劃區祖先遺留之共有土地經整體開發建築者，於建築後第一次土地移轉時，其土地增值稅之減免，除依其他法律規定外，另減徵百分之二十。
所稱整體開發，係指以實施重劃或區段徵收方式辦理開發者。
四、長期持有土地之減徵
適用此項規定，需要注意以下兩點:
2、是只針對超過(第一項)最低稅率部分減徵而已，並不是指全部稅額減徵。
這樣的規定確實會造成計算上繁雜，且法條文字亦容易造成誤解，因此有建議修改就原應納稅額全額減徵，較為明確3。
五、都更條例的規定
1、依權利變換取得之土地及建築物，於更新後第一次移轉時，減徵土地增值稅及契稅百分之四十。
2、不願參加權利變換而領取現金補償者，減徵土地增值稅百分之四十。
3、實施權利變換應分配之土地未達最小分配面積單元，而改領現金者，免徵土地增值稅。
4、實施權利變換，以土地及建築物抵付權利變換負擔者，免徵土地增值稅及契稅。
此外，更新地區內之土地為信託財產，訂定以委託人為受益人之信託契約者，不課徵贈與稅。信託土地，因信託關係而於委託人與受託人間移轉所有權者，不課徵土地增值稅。
一、土地稅法規定之免徵
(一) 因繼承而移轉之土地，各級政府出售或依法贈與之公有土地，及(各級政府)受贈之私有土地，免徵土地增值稅。
例如77年間持有土地，84年因死亡發生繼承，直到105年間出售土地的情形。繼承取得之土地再行移轉者，因為繼承發生時另有遺產稅要繳納，所以前次移轉時核計土地增值稅之現值，係指繼承開始時(84年)該土地之公告現值，不是從77年作為前次移轉核計。
又例如，標買國有地而來的「信義聯勤案」，根據規定，承購公有土地可使用實際承購價額作為前次移轉現值，因標脫價格(當時新壽以每平方公尺約87萬元得標)遠高於公告土地現值(94年度公告土地現值每平方公尺32.3萬元)，土增稅原逾十億元，但因是國有地標售，可用標脫價格申報前次移轉現值，因此土增稅僅約1億餘元，只是1/10
(二) 私人捐贈供興辦社會福利事業或依法設立私立學校使用之土地，並符合下列規定情形為限，免徵土地增值稅：
2、法人章程載明法人解散時，其賸餘財產歸屬當地地方政府所有。
3、捐贈人未以任何方式取得所捐贈土地之利益。
(三) 被徵收之土地、依法得徵收之私有土地，土地所有權人自願按公告土地現值之價格售與需
(四) 區段徵收之土地，以現金補償其地價、因領回抵價地不足最小建築單位面積而領取現金補償，以及實際領回抵價地(補償地價)，全部免徵土地增值稅。
二、不課徵土增稅的土地:
《土地稅法》第39條之2規定，作農業使用之農業用地，移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅。前項不課徵土地增值稅之土地承受人於其具有土地所有權之期間內，曾經有關機關查獲該土地未作農業使用且未在有關機關所令期限內恢復作農業使用，或雖在有關機關所令期限內已恢復作農業使用而再有未作農業使用情事時，於再移轉時應課徵土地增值稅。
前項所定土地承受人有未作農業使用之情事，於配偶間相互贈與之情形，應合併計算。
1、須是符合農業用地的範圍。
2、不課徵土增稅土地的申請。
(1) 申請不課徵土地增值稅者，應檢附直轄市、縣（市）農業主管機關核發之農業用地作農業使用證明文件，送主管稽徵機關(稽徵處)辦理。直轄市、縣（市）農業主管機關辦理前項所定作農業使用證明文件之核發事項，得委任或委辦區、鄉（鎮、市、區）公所辦理。
(2) 核准不課徵土地增值稅之農業用地，主管稽徵機關應將核准文號註記列管，並於核准後一個月內，將有關資料送直轄市、縣 (市) 農業主管機關(農業局)。
(3) 不課徵土地增值稅之土地承受人於其具有土地所有權之期間內，曾經有關機關查獲該土地未作農業使用且未在有關機關所令期限內恢復作農業使用，或雖在有關機關所令期限內已恢復作農業使用而再有未作農業使用情事時，於再移轉時應課徵土地增值稅。
3、再移轉時原地價之認定。
(1)、作農業使用之農業用地，於本法中華民國89年1月6日修正施行後第一次移轉，或依第一項規定取得不課徵土地增值稅之土地後再移轉，依法應課徵土地增值稅時，以該修正施行日當期(即89年1月)之公告土地現值為原地價，計算漲價總數額，課徵土地增值稅。
(2)、本法中華民國89年1月6日修正施行後，曾經課徵土地增值稅之農業用地再移轉，依法應課徵土地增值稅時，以該土地最近一次課徵土地增值稅時核定之申報移轉現值為原地價，計算漲價總數額，課徵土地增值稅。
(二)配偶互相贈與的土地
(三)信託土地
1、因信託行為成立，委託人與受託人間。
2、信託關係存續中受託人變更時，原受託人與新受託人間。
3、信託契約明定信託財產之受益人為委託人者，信託關係消滅時，受託人與受益人間。
4、因遺囑成立之信託，於信託關係消滅時，受託人與受益人間。
5、因信託行為不成立、無效、解除或撤銷，委託人與受託人間。
不課徵土地增值稅之土地，於所有權移轉、設定典權或依信託法第三十五條第一項規定轉為受託人自有土地時，以該土地不課徵土地增值稅前之原規定地價或最近一次經核定之移轉現值為原地價，計算漲價總數額，課徵土地增值稅。但屬第三十九條第二項但書規定情形者，其原地價之認定，依其規定。
因遺囑成立之信託，於成立時以土地為信託財產者，該土地有前項應課徵土地增值稅之情形時，其原地價指遺囑人死亡日當期之公告土地現值。
以自有土地交付信託，且信託契約明定受益人為委託人並享有全部信託利益，受益人於信託關係存續中死亡者，該土地有第一項應課徵土地增值稅之情形時，其原地價指受益人死亡日當期之公告土地現值。(但是，委託人藉信託契約，不當為他人或自己規避或減少納稅義務者，將不適用該項規定。)
第一項土地，於計課土地增值稅時，委託人或受託人於信託前或信託關係存續中，有支付第三十一條第一項第二款改良土地之改良費用或同條第三項增繳之地價稅者，準用該條之減除或抵繳規定；第二項及第三項土地，遺囑人或受益人死亡後，受託人有支付前開費用及地價稅者，亦準用之。
三、適用自用住宅用地優惠稅率的申請。
(一) 申請方式
土地所有權人申請按自用住宅用地稅率課徵土地增值稅，應於土地現值申報書註明自用住宅字樣，並檢附戶口名簿影本及建築改良物證明文件；
2、依規定由權利人單獨申報，或無須申報土地移轉現值之案件
具體來講，依規定由權利人單獨申報，常見情況例如法院判決、和解或調解而取得土地所有權；無須申報土地移轉現值之案件，則例如法院拍賣、政府徵收或照價收買。
諸如此類情形，是因為程序上土地所有權人無法依規定主動提出申請，稽徵機關應主動通知土地所有權人，其合於自用住宅用地要件者，應於收到通知之次日起30日內提出申請，藉以保障土地所有權人權益。
(二)申請期限
1、一般土地情形
2、依規定由權利人單獨申報土地移轉現值或無須申報土地
拾壹：土地增值稅抵繳及退稅
一、抵繳
理論上，重新規定地價時，將造成土地所有權人地價稅的增加，在此一部份之下，土地的漲價已有部分由土地所有權人用繳納地價稅的方式歸公。假如日後，移轉該土地時，又要繳納土地增值稅，是否有重複課稅的嫌疑?
實際上，地價稅性質上是持有稅、土增稅則屬移轉、交易稅，本質上不同。不過，立法上最後採取可以有限度抵繳的結論，因此先前繳納過的地價稅可予抵繳應納的增值稅。
根據行政院頒訂之增繳地價稅抵繳土地增值稅辦法:
1、土地所有權人在持有土地期間，經重新規定地價者，其增繳之地價稅，自重新規定地價起 (按新地價核計之稅額) ，每繳納一年地價稅抵繳該筆土地應繳土地增值稅總額百分之一 (繳納半年者，抵繳百分之0.5) 。
(1)、原按特別稅率﹑公共設施保留地稅率及基本稅率課徵地價稅者：
＝〔 (最近一次重新規定地價之申報地價－取得土地時之原規定地價或重新規定地價之申報地價) ×原課徵地價稅稅率〕× 同稅率已徵收地價稅年數。
(2)、原按累進稅率課徵地價稅者：
＝〔各該戶累進課徵地價稅土地每年地價稅額÷各該戶累進課徵地價稅土地課徵地價總額× (最近一次重新規定地價之申報地價－取得土地時之原規定地價或重新規定地價之申報地價) 〕×同稅率已徵收地價稅年數。
依上開計算公式計算增繳之地價稅，因重新規定地價、地價有變動或使用情形變更，致適用課徵地價稅之稅率不同者，應分別計算。
二、申請退還已繳土增稅
『舊制』下的重購土地退稅，是為保障國民生活所必需的自用住宅用地、扶植工業發展所必需的工廠用地及保護自耕農的擴大農場規模，根據《土地稅法》的規定，對於重購土地得申請退稅的土地限於自用住宅、自營工廠用地、自耕農的農業用地3種土地。
不過，如果是自用住宅用地，於土地出售前1年內，曾供營業使用或出租者，不適用之。此外須注意，有關追繳規定，土地所有權人因重購土地退還土地增值稅者，其重購之土地，自完成移轉登記之日起，5年內再行移轉時，除就該次移轉之漲價總數額課徵土地增值稅外，並應追繳原退還稅款；重購之土地，改作其他用途者亦同。
